《通鉴》不合义理的地方，一是涉及正统观，司马光写史，“帝曹魏而寇蜀汉，帝朱梁而寇河东”，这不合朱熹的正统观。二是《通鉴》的书法不合《春秋》的惩劝之法。再一个是史书的编排上的问题。
《资治通鉴纲目》作者是朱熹，但门人也是尽了力的。《纲目》的《凡例》是否出自朱熹之手，有争议。但结合《文集》、《语类》等，可以肯定《通鉴纲目》及《通鉴纲目凡例》反映了朱熹的观点。
《通鉴纲目》、《纲目凡例》中的主导思想是明正统。《语类》中有一段记载：
问：《纲目》主意？
曰：主在正统。
问：何以主在正统？
曰：三国当以蜀汉为正，而温公乃云：“某年某月‘诸葛亮入寇’”，是冠履倒置，何以示训？缘此遂欲起意成书，推此意，修正处极多。若成书，当亦不下《通鉴》许多文字。[64]
在《语类》等文献中，朱熹的正统观很明显。他以为中国历史的进程有两种情形。第一，天下为一，诸侯朝觐，狱讼皆归，便是得正统。另外有两种情形，其一为“始不得正统，而后方得者，是正统之始”。如秦朝开初不是正统，秦始皇并天下后，方得正统。其他，西晋自泰康后才得为正统。隋朝在灭陈后，得正统。宋自太宗灭北汉后，始为正统。二是，“始得正统，而后不得者，是正统之余”。如蜀汉、东晋。因此，司马光称蜀汉对北方用兵，是“寇”，朱熹以为是明显不妥当、不合义理的说法。