由皇帝亲自选出一名信任的武将来做锦衣卫的指挥使，相当于朝廷的三品官员，可以世袭。锦衣卫指挥使的职位之下，又设有同知、指挥佥事、卫镇抚、正千户、副千户、百户、试百户、所镇抚、总旗、小旗等大大小小百十名官员。锦衣卫设立之初，仅仅是用作卤簿仪仗(1)，后来皇帝认为大理寺和都察院不直接受自己掌控，就把锦衣卫设置为南北镇抚司，直接受命于皇帝，可以不经过司法部门，直接逮捕和处决皇帝指定的犯人。
飞鱼袍与绣春刀
这些由皇帝直接管辖的禁卫军之所以被称为“锦衣卫”，与他们所穿的衣服有很大关系。虽然锦衣卫人员众多，但是只有锦衣卫的高级人员才能享有华服。华服有三种服饰，分别是：蟒服、飞鱼服、斗牛服。明朝时，绣有蟒、飞鱼、斗牛、麒麟的官服并不是朝中大臣穿的，而是皇帝御赐的服装。