《水经注》书影
孝昌初年，梁朝派遣军队攻打扬州，刺史元法僧又在彭城发动叛乱。北魏孝明帝命令郦道元负责指挥各路人马讨伐。梁朝的军队在涡阳被击退，郦道元指挥部下乘胜追击，大胜而归。
皇帝任命郦道元为御史中尉，负责纠察弹劾等事务。郦道元一向有行政严厉的名声，掌权的人开始有所畏惧。但过了一段时间后，郦道元纠正当时的不正之风并没有取得多大效果，使他的声望受到很大损害。司州牧王悦喜欢男宠丘念，两人吃饭睡觉都在一起。丘念得以掌握权力，在选举州官的时候，丘念就在其中操纵。丘念也知道他这样做是违法的，所以平时他都隐藏在王悦家里，隔几天才回一次家。郦道元决心铲除这个祸害。他秘密查清了丘念回家的规律，找到机会将丘念逮捕，关进了大牢。王悦不舍得情人坐牢，向太后申诉，请求释放丘念。太后本来也不是干净人，很快就下令释放丘念。郦道元早就防着这一招，他抢在命令到达之前把丘念处死，并用这件事检举弹劾王悦的违法行为。
正在这个时候，雍州刺史萧宝夤谋反的意图已经暴露无遗。城阳王徽一向忌恨郦道元，就劝太后派郦道元为关右大使前去视察萧宝夤。萧宝夤很清楚郦道元此行来的目的，也知道郦道元不是那种可以收买的人。于是他派手下行台郎中郭子帙将郦道元围困在阴盘的驿亭里，驿亭在山上，平时喝水全靠从山下的水井打水。但是打水的路已经被郭子帙封锁了，郦道元渴得没有办法，只好在山上打井。谁知道一连挖了十几丈都没有打出水来，最后带的水都喝光了，人们也失去了打井的力气。正在这个时候，郭子帙的人趁郦道元等人筋疲力尽无法防备的时候翻墙进来，将郦道元、他的弟弟还有他的两个儿子全部杀害。郦道元被杀之前瞪大双眼，怒气冲天地痛骂萧宝夤，最后气绝身亡。萧宝夤派人把郦道元等人的尸骨埋在长安城东。萧宝夤的叛乱被平定后，郦道元的尸骨被迁回了家乡重新埋葬。朝廷追赠郦道元吏部尚书、冀州刺史和安定县男的官爵。