半月前，锡尔河各防线溃败的消息陆续传来，摩诃末立即派出撒马尔罕一半兵力支援锡尔河防线。可几天后，一份可靠情报传来，撒马尔罕东南方300公里处出现一支蒙古兵团，如你所知，这就是实施大迂回的哲别兵团。摩诃末又派撒马尔罕的另外一半兵力去迎击这个新威胁。所以当成吉思汗兵临布哈拉城时，撒马尔罕的兵力已不到三万人。
险象已明朗，成吉思汗和哲别对撒马尔罕使用的是钳形攻势，正在慢慢包围它。他只有一条路可走，脱离包围圈，到圈外去召集军队，徐图恢复。他还是坚持原有的看法，游牧民族不能持久，饱掠之后，必然自退。而布哈拉城和撒马尔罕城都异常坚固，必能支持相当时日。于是他只带了一千名卫队，从撒马尔罕南下，退到今阿富汗北部的巴尔克。在这里，他喘息安定后，一面征调人马，一面关注情势发展。
情势发展对他和他的帝国极为不利，成吉思汗一抵达布哈拉城下就发动猛烈的攻击，昼夜不停，连续七天。所有先进的攻城器械统统上了战场，布哈拉城的人胆战心惊。
布哈拉城中守将是阔克汗，据说他是蒙古人，曾在草原争霸中参加过抵抗成吉思汗的战争，所以他对成吉思汗用兵如神和蒙古兵团的凌厉深有感触。在咬牙抵抗三昼夜后，阔克汗身心俱疲，可他没有想过投降，因为摩诃末待他不薄，给他高官厚禄，又让他防守如此重要的城市，他有蒙古人“为知己者”死的高尚情操，所以他决定死战到底。