道光六年（1826年），张格尔乘夜出击，召集两百多人再次作乱，以最快的速度占领了喀什噶尔以北四十多千米的阿图什，以祭祖为名，团结回众。消息传开后，一些人纷纷加入张格尔叛军。清政府得知这个消息，立即命人前往阿图什实施围剿；张格尔带着大队人马迎战，被打得落花流水。张格尔掉头就跑，清军乘胜追击，狡猾的张格尔让人混进喀什噶尔城，串通内应展开叛乱，叛匪冲出东门，清军受内外夹击，处于下风。在一个雷雨交加的夜里，张格尔冲出突围。他招兵买马，大肆煽动宗教情绪与民族仇视，只用了几天就占领了喀什噶尔等地。浩罕汗国得知张格尔的近况，派出三千名侵略军赶过来，想与张格尔共同瓜分。两股势力联合在一起，使塔里木盆地西南缘一带陷入战火狼烟之中。张格尔叛军继续攻陷各城，使回部城镇沦于战火，危及清王朝在新疆的统治。